1、氨的挥发
氨法脱硫与钙法（石灰石、石灰）脱硫相比，前者的脱硫剂在常温常压下是气体，是易挥发的，而后者是固体，是不挥发的。因此，氨法脱硫需要解决氨的挥发问题，防止氨随脱硫尾气溢出损失，需要防止形成二次污染。
2、亚硫酸铵氧化困难。
向亚硫酸铵水溶液中鼓入空气直接氧化，便可得到硫酸铵。但亚硫酸铵氧化和其他亚硫酸盐相比明显不同，NH4+对氧化过程有阻尼作用。NH4+显著阻碍O2在水溶液中的溶解。当盐浓度小于0.5mo1/L（约5%(wt)）时，亚硫铵氧化速率随其浓度增加而增加，而当超过这个极限值时，氧化速率随浓度增加而降低。
3、硫铵结晶存在的问题
硫铵在水溶液中的饱和溶解度随温度变化不大，结晶析出硫铵的方法一般采用蒸发结晶，消耗额外蒸汽。因此，如何控制过程的工艺条件使硫铵饱和结晶从而降低能耗是该方法的第三个技术关键。